De eerste molen op deze plaats was een wipmolen, gebouwd in 1674; deze werd 3 december 1796 door brand verwoest. De Warmonder molenmaker-metselaar Simon Paddenburg bouwde een nieuwe stenen molen - de huidige - voor ƒ 4579,--.

Tot 1981 werd de Stevenhofjespolder (ca. 150 ha.) uitsluitend op windkracht bemalen. De bouw van de nieuwe Leidse woonwijk "Stevenshof" maakte hieraan grotendeels een einde: thans kan de molen nog 40 ha. bemalen. Overigens vielen molen en het overgrote deel van de polder tot 1 juli 1966 onder de gemeente Wassenaar, daarna onder Leiden.

In 1935 heeft ingrijpend herstel plaatsgevonden: de gietijzeren bovenas en houten roeden werden gewisseld voor exemplaren van de kort tevoren gesloopte molen van de Noord-Hoflandse polder te Voorschoten (een molen die op zichtafstand van de Stevenshofjesmolen stond).
Dat houten roeden vervangen werden door goede tweedehands ijzeren exemplaren is niet verbazend; niet bekend is vooralsnog, waarom ook de bovenas werd vervangen: de Stevenshofjesmolen had al een ijzeren as! Mogelijk pasten de tweedehands roeden niet in de bestaande as.

In 1942 ontsnapte de molen aan de sloop: een gevorderd plan om de molen grotendeels af te breken en te vervangen door een Amerikaanse windmotor ging door het toedoen van De Hollandsche Molen, getipt door de Vereeniging Oud Leiden, niet door. De molen bleef en bleef ook in bedrijf. 
Omstreeks 1957 heeft men aan de ZW-zijde van de stenen romp, die toen op sommige plaatsen in slechte staat verkeerde, een laag gewapend beton aangebracht.

Eind 19de/begin 20ste eeuw waren verschillende generaties Van Meijgaarden hier molenaar. De laatste was B.C. van Meijgaarden, benoemd 1 februari 1904. 23 november 1923 vroeg hij om ontslag.
J. Haasnoot werd per 1 januari 1924 zijn opvolger, tegen een jaarsalaris van ƒ 200,--. Later kreeg hij daar, in de functie van bode, ƒ 25,-- bij. Op 1 oktober 1945 kreeg op eigen verzoek ontslag.
In 1946 (formeel per 1 januari 1947) werd de toen amper 20 jaar oude Arie van der Ham tot molenaar benoemd, hij zou dit blijven totaan zijn overlijden in 2004. 
De polder is, met veel dank aan deze molenaar, zeer lang uitsluitend op windkracht bemalen, er was geen gemaal en ook geen motor op het scheprad. In latere jaren werd Van der Ham vaak bijgestaan door vrijwillige molenaars, onder wie de broers Teun en Willem Waltman (jaren '70) en later Teun van Geest, tot medio 2010 de vaste molenaar.

De Rijnlandse Molenstichting, eigenaar geworden in 1976, bereidde direct na de overname een restauratie voor. Dit was hard nodig, want vooral kap en kruiwerk waren dringend aan herstel toe, men hield de molen met kunst- en vliegwerk maalvaardig. 
Eind 1981 ging dat niet meer toen de kuip het definitief begaf: er kon niet meer worden gekruid. Een noodgemaal moest het werk overnemen.
In 1982/83 vond die grote restauratie plaats: kap en kruiwerk werden vrijwel geheel vernieuwd maar ook is het metselwerk grondig nagekeken. Beide oude Potroeden konden nog worden gerepareerd. 

De molen was goed en wel weer maalvaardig, toen de directe omgeving drastisch en voorgoed veranderde: de aanleg van de nieuwe Leidse woonwijk Stevenshof zorgde ervoor dat de molen aan drie zijden min of meer ingesloten raakte. De Rijnlandse Molenstichting had kunnen bedingen dat de windvang tussen ZZW en NW onbelemmerd zou blijven, voor de rest gold dat niet: al op korte afstand van de molen staat allerhande bebouwing, al zijn dat dichterbij voornamelijk lage huizen. 

In oktober 2011 verving molenmakerij Verbij beide Potroeden, onderhand érg slecht geworden. Dit gebeurde op de klassieke manier: met de lier, zonder kraan. Eind november was de Stevenshofjesmolen met zijn nieuwe wiekenkruis weer maalvaardig.

Nadat in de jaren '80 de omgeving dus al enorm was veranderd, gebeurde er vanaf 2017 opnieuw veel vanwege een ander groot project: de zgn. Rijnlandroute, een grotendeels ondergrondse weg om het verkeer rond Leiden te ontlasten, betekent dat het resterende gedeelte van de Stevenshofjespolder (letterlijk) wordt doorsneden: het te bemalen oppervlak, sinds de aanleg van de woonwijk nog ongeveer 40 ha., zal uiteindelijk niet meer dan ca. 14 hectaren bedragen. Zelf heeft de molen visueel niet zoveel last van de nieuwe weg.

In december 2022 werd de seinlamp, die ruim 40 jaar geleden was meegegeven aan iemand die in de molen had geklust, terugbezorgd. Niet geheel compleet meer, maar wel van historische waarde voor deze molen. Lang geleden was deze molen namelijk seinmolen voor het gedeelte van Rijnland bezuiden de Oude Rijn.

Nog een paar technische bijzonderheden:
Het bovenwiel is vrijwel geheel van iepenhout gemaakt. Bij de velgen is dat min of meer vanzelfsprekend, maar niet bij de plooistukken en (hier) ook de kruisarmen. Van één kruisarm en plooistuk is te zien dat zij uit hetzelfde deel zijn gezaagd. 
Opvallend onopvallend: in de kap bevindt zich tussen vangstok en vangbalk geen ketting maar een van stelgaten voorziene massieve metalen strip. Niet vaak te zien. 
Ook de bezetketting verdient vermelding: deze zit verankerd aan de staartbalk, het andere part wordt na het kruien enige malen rond een kruipaal geslagen en daarna met een grondpen in een schalm van die ketting vastgezet. Dit was/is op meer Rijnlandse poldermolens in de duinstreek in gebruik.