Deze molen is in 1804 gebouwd op de plaats, waar eerder twee voorgangers hebben gestaan: De Ruyter en De Valk.
De huidige molen is te vinden op het terrein van de vroegere houthandel Noordman aan de Leidse Rijn. Op de molenwerf stonden nog twee houtzaagmolens: de bovenkruier De Eendracht en de paltrok De Jonge Paulina; deze laatste molen was al verdwenen vóór 1856, het jaar waarin Dirk Dirksz. Noordman molens en terrein kocht.

Tot 1924 werd van windkracht gebruik gemaakt; daarna draaide de krukas via een elektromotor. Toch wilde de familie Noordman de molen graag behouden: zo werd, nadat op 5 augustus 1931 de buitenroede door blikseminslag vernield was, datzelfde jaar een nieuw exemplaar gestoken. Aan de andere kant: men had een gebalanceerd wiekenkruis nodig, voor het geval de krukas (na een mogelijke breuk) zou moeten worden rondgedraaid......
Desondanks ging de toestand achteruit: in 1949 werden beide (houten) roeden gestreken.

Restauratie bleef daarna evenwel steeds onderwerp van gesprek: niet alleen de familie Noordman was overtuigd van het belang van deze molen, de gemeente Leiden en vereniging De Hollandsche Molen waren dat ook.
In 1961 volgde dan de grote restauratie die de molen weer maalvaardig maakte: een nieuw wiekenkruis en staart. In 1962 kwam het werk gereed. Aanvankelijk liet eigenaar Jan Noordman de molen regelmatig draaien; vanaf 1974 werd door een ploeg vrijwilligers niet alleen gedraaid, maar ook gezaagd.

In 1993 werd opnieuw ingrijpend herstel uitgevoerd aan molen en zaagschuren.
Op 13 april 2002 werd deze molen door het breken van de krukas wederom tot (tijdelijke) werkloosheid veroordeeld; draaien kon nog wel, zagen uiteraard niet meer.
Nadat de nodige subsidies waren verkregen, werd in januari 2005 een geheel nieuw gesmede krukas, vervaardigd door Somers Forge Ltd., Halesowen, Engeland in het najaar van 2004, geplaatst. Het gaat om een gesmede stalen drieslagskrukas, lang 5,47 m.; gewicht 1350 kg; slag: 46,6 cm. In juni 2005 kon er weer worden gezaagd.
Krukasbreuk is bij deze molen overigens geen onbekend verschijnsel: ook in 1976 brak de toenmalige as (maar kon nog worden gerepareerd) en in de molen ligt een nog veel oudere, lang geleden gebroken, as.

Helaas traden eind 2006, als gevolg van bouwwerkzaamheden in de directe omgeving verzakkingen op en moest d'Heesterboom worden stilgezet: in 2007 heeft de molen niet gedraaid.
In mei 2008 draaide de molen, na de nodige rechtzettingen en reparaties, voor het eerst sinds bijna anderhalf jaar weer, later dat jaar kon ook weer worden gezaagd.

De directe omgeving van de molen is door moderne woning- en loodsbouw aan de zuidkant duidelijk verlelijkt. Aan de noordzijde, waar heel lang een grote loods van Noordman stond, verschenen ook nieuwe woningen, maar die zijn juist wel redelijk in verhouding tot de molen.

In 2017 werden nieuwe roeden besteld, begin december werden beide oude roeden kaalgezet, op 4 december zijn zij gestreken. 6 december stak molenmakerij Verbij de nieuwe roeden. Kort daarna kon de molen weer zagen.

In de tweede helft van 2019 kon de molen enige tijd niet worden gekruid, nadat in één van de rollenwagens een breuk was ontstaan. De molenaarsploeg van De Heesterboom loste dit in eigen beheer op en in november dat jaar was alles weer in orde.

Eind september 2020 begon dan een nieuwe, zeer opvallende, klus: het gehele rietdek moest worden vervangen. Het oude zat er ongeveer 100 jaar op en was hier en daar erg dun geworden.
Vroeg in 2021 werd het rietwerk opgeleverd. Op 1 maart 2021 draaide de molen voor het eerst in maanden weer.

In het najaar van 2022, tijdens de verhuizing van de fa. Noordman naar Oegstgeest (waarmee deze handel dus na zo'n 170 jaar deze locatie heeft verlaten) kwamen oude notities tevoorschijn, onder meer over de bovenas van deze molen. Gebleken is dat deze afkomstig is van de in 1878 gesloopte Amsterdamse houtzager De Jonge Visscher en hier in 1882 gestoken. Evengoed blijven fabrikaat en gietjaar van deze geheel ingepakte as nog altijd onbekend.
Leuk is ook om te vernemen dat, nadat de oude houten bovenas van De Heesterboom in 1882 als het ware 'vrijkwam', deze prompt op De Eendracht werd verzaagd en vervolgens als windpeluw op De Heesterboom dienst ging doen!

Eind 2023, begin 2024 ging dan definitief het zuidelijke gedeelte van de molenwerf op de schop. Het bedrijf van Noordman was dus al verdwenen en nu wordt op de locatie woningbouw verwacht. Hopelijk wordt de molen er niet teveel door ontsierd dan wel klemgezet.