De Pendrechtse molen werd gebouwd in 1731 en staat sinds 1993 op zijn huidige plaats. Die nieuwe locatie was echt nodig, omdat de vorige omgeving van deze molen, in de polder Pendrecht onder Rotterdam, onleefbaar was geworden door uitbreiding van wegen, industrie en, niet in het minst, het dempen van boezemwater. 
Aanvankelijk wilde men de Pendrechtse molen daar gewoon laten staan: een strook grond van ongeveer 100 meter rond de molen werd vrij gehouden en de ontsluitingsweg van het bedrijventerrein werd op de molen gericht.
Maar omdat enerzijds de Pendrechtse Molen niet paste in een bedrijventerrein en anderzijds de molen vanwege windgebrek niet normaal zou kunnen draaien en derhalve simpelweg verloren zou gaan, ging men op zoek naar een nieuwe plek. Die werd gevonden in het Zuidelijk Randpark, ongeveer drie kilometer naar het oosten.

De molen ging daarmee tevens van Rotterdams naar Barendrechts grondgebied en in eigendom over naar het Natuur- en Recreatieschap IJsselmonde. De molen kreeg een recreatief-educatieve functie, niet meer als poldermolen, maar als ververser van de diverse waterpartijen in het Randpark. Op die manier wordt aan het publiek zichtbaar gemaakt waartoe een windwatermolen in staat is.

Na de verplaatsing kreeg de molen zijn Dekkerwieken en oorspronkelijke sobere kleuren (voornamelijk teer, vrijwel geen verf) terug en is sindsdien veelvuldig in bedrijf.

In de loop van 2015 werd veel gewijzigd aan de omgeving van de molen qua mogelijkheden tot waterverversing. De molen kan in dit proces een duidelijke rol blijven spelen.

In de loop van 2019 moesten beide spruiten vervangen worden. De lange spruit keerde daarna terug als middelbalk: zo was deze molen in 1731 ook gebouwd.
De verwijderde lange spruit had best wel een verhaal: de vervanging gebeurde pas in 1944 en wel op advies van de bekende molenopzichter Adriaan Dekker. De oude middenbalk was toen gekraakt en Dekker adviseerde deze af te zagen en op zoek te gaan naar een tweedehands ijzeren roe die als lange spruit kon dienen. Dit is toen inderdaad gebeurd.
Naast het werk aan de spruiten is in 2019 ook zeer veel werk verricht aan de stenen romp.