Op de plaats waar nu de Windlust staat, heeft vanaf ongeveer 1625 een wipkorenmolen gestaan. Toen die molen gebouwd werd, stonden er in Nootdorp 28 huizen. Deze wipkorenmolen werd in 1880 gekocht door Huibert Blonk, molenaar in Zegwaard (Zoetermeer). Diens oudste zoon Arend werd de molenaar van de Nootdorpse Windlust.

In 1885 kocht Huibert Blonk de rietgedekte, achtkante run- en snuifmolen Windlust die in 1781 op de Hopsteegse toren van de stadswal van Delft gebouwd was. Die windmolen was daar overbodig geworden, omdat men was overgegaan op stoomkracht.
In Nootdorp brak men de oude wipkorenmolen af en metselde op diezelfde plek een stenen onderbouw. Hierop zette men het achtkant van de Delftse Windlust weer in elkaar, opdat die voortaan als korenmolen kon dienen.
Huibert Blonk zag de nieuwe molen van zijn zoon niet lang malen: hij overleed in maart 1886. Bij de verdeling van de boedel werd de molen uiteindelijk aan Arend Blonk toegewezen.
Arend Blonk overleed al in februari 1898, amper 44 jaar oud. Een jaar later zette zijn weduwe de molen te koop. Nieuwe eigenaar werd Arie Verploegh (die onder Blonk knecht was geweest). 

In 1908 onderging de molen een interessante wiekverbetering: beide roeden kregen zelfzwichting. In 1919 verkocht Verploegh de molen aan de coöperatie Ons Belang. Enkele jaren later werd Hendrik Jongste daar molenaar (en zou dat ongeveer 40 jaar blijven). In 1943 verkocht de coöperatie de molen aan Dorus Kortekaas; Jongste bleef huurder.

In 1947 werd historie geschreven toen deze molen als tweede in Nederland - de eerste was Oeffelt - op één roede fokwieken kreeg. De opleving hierdoor duurde maar enkele jaren: vanaf 1951, na de aanschaf van een hamermolen, maalde de molen al veel minder en een jaar later stopte dit geheel. 

In 1955 werd Hendrik Jongste, toen al 71 jaar oud, eigenaar. Na zijn overlijden (1963) werd Gerard van Rijswijk dat. Deze zat vol goede bedoelingen maar had middelen noch kennis om de molen in een betere staat te brengen. Zijn pogingen om de stelling te vernieuwen leverde een vooral hilarische 'kleurstelling' op en het verval kon niet worden gestopt.

Pas in 1974, toen het echtpaar Koos en Bep de Wolf-van Domburg molen, woonhuis en graanschuur kocht, braken er betere tijden aan. Eerst lieten zij de oude molenaarswoning afbreken en op die plaats een nieuw huis bouwen maar daarna kreeg de molen alle aandacht, wat hier wilde zeggen: consolidatie. De romp werd provisorisch waterdicht gemaakt en in juli 1976 ging beide roeden eruit. 

Toen waren evenwel nog bijna 10 jaar te gaan: pas in 1987 waren voldoende financiële toezeggingen binnen om met de restauratie te beginnen maar toen ging het ook snel. In februari 1987 takelde de firma Verbij de oude kap naar beneden om die in november, mét daarin ook een nieuw bovenwiel, geheel hersteld weer te plaatsen. In december volgden de nieuwe roeden. In de zomer daarvoor was de romp al met nieuw riet gedekt. 

Het maalwerk moest evenwel ook grondig worden herzien: de drie koppel maalstenen (twee origineel en één later toegevoegd) waren niet bruikbaar meer. Twee koppel geheel nieuwe kunststenen, fabrikaat Van Hees, werden geplaatst.
Op 29 mei 1989 werd de molen feestelijk in bedrijf genomen. Zijn wederopstanding had ƒ 480.000,-- (€ 220.000,--) gekost.

Begin 1995 werd in de voormalige graanschuur eetcafé De Vang geopend. Op 28 april 1998 vond de oprichting plaats van de Stichting Vrienden van de Windlust te Nootdorp (VWN). Eind 1999 werd Leen van der Lee uit Delft eigenaar van molen en graanschuur en in april 2000 nam de stichting het beheer van alle molenzaken van hem over. Sinds 2 september 2008 zijn molen en voormalige graanschuur eigendom van de Stichting. 

Het uit 1987 daterende bovenwiel werd eind 2019 geschrooid, d.w.z. weer geheel rond gemaakt, dit uiteraard nadat de voering was verwijderd. Na het schrooien kreeg het wiel een nieuwe voering. 
Begin 2021 kreeg de vang een nieuw buikstuk, juni-juli daarna is de molen geheel geschilderd, zijn de roeden doorgehaald en raamkisten vervangen. In het voorjaar van 2022 volgde een nieuw kruirad en in 2023 werd het luiwerk grondig nagekeken. 

In januari 2024 bleek na onderzoek (ook) voor deze molen dat beide roeden lasfouten vertoonden. Vervolgens heeft men deze molen stilgezet.